نظر به جایگاه تاریخی ممتاز حوزه علمیه اصفهان و ظرفیت‌های متعدد آموزشی، پژوهشی، تبلیغی و تهذیبی آن، شورای عالی حوزه‌های علمیه طی مصوبه ۱۸۳۱، مجوز صدور مدارک تحصیلی سطح چهار را نیز به مدیریت حوزه علمیه اصفهان اعطاء نمود.
براساس ماده واحده «اعطای مجوز صدور مدارک حوزوی واگذاری آن به مدیریت‌های استانی و و مراکز حوزوی به شورای عالی» موضوع مصوبه جلسه ۸۸۵ مورخه پنجم مرداد ماه سال ۱۴۰۲ شورای عالی انقلاب فرهنگی، که مقرر می‌دارد «شواری عالی حوزه‌های علمیه، به عنوان مرجع تعیین ضوابط و شرایط صدور مدارک حوزوی و واگذاری آن (صدور مدارک حوزوی) به مدیریت‌های استانی و مراکز و موسسات و نهادهای حوزوی پس از احراز شرایط و ضوابط مقرر؛ محسوب می‌گردد و تمامی مدارک علمی صادره توسط مدیریت حوزه‌های علمیه استانی و مراکز و موسسات حوزوی که با مجوز شورای عالی حوزه‌های علمیه و پس از احراز شرایط لازم صورت گرفته است، دارای اعتبار قانونی بوه و دارندگان مدارک مذکور از مزایای قانونی آن برخوردار خواهند شد».- مدارک صادره توسط مدیریت حوزه علمیه اصفهان دارای اعتبار قانونی بوده و از جمیع مزایای مدارک صادره توسط مرکز مدیریت حوزه های علمیه برخوردار می‌باشد.
