برنامه ریزی پژوهشی ،بر اساس فعالیتها و امکانات مدارس علمیه بوده است
برنامه های این واحد در شش ماه اول سال جاری (۱۴۰۳) که به عنوان برنامه های ابلاغی و اجرائی اعلام شده است عبارت است از؛ برگزاری کرسی آزاد اندیشی و نشست علمی و کارگاههای تخصصی علوم اسلامی ونقد و نظر علمی و تشکیل کانون های علمی طلاب می باشد.